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La iglesia del monasterio está compuesta por tres naves, tiene crucero y ábside semicircular, el cual queda rodeado por la girola a la que abren cinco absidiolos cubiertos con cuarto de esfera, mientras que el deambulatorio se cubre con crucería simple; la capilla mayor se cubre con bóveda ojival que contrasta con la articulación mural de esta zona, más arcaizante.

El crucero es acusado tanto en planta como en alzado, se cubre con crucería simple y en cada brazo abre una capilla similar a las de la girola; en el brazo norte del crucero se construyó, ya en el s. XVI, la capilla de San Bernardo, de planta cuadrada, cubierta con crucería estrellada y alojando el magnífico sepulcro renacentista de alabastro del abad Lope Marco, realizado por Pedro de Moreto con un rico repertorio figurativo. Esta capilla abre al crucero a través de un arco triunfal con decoración de candelieri, dotada con las armas de Lope Marco y el arzobispo Hernando de Aragón.

Las naves constan de seis tramos, siendo la central de mayor altura y anchura y alberga los coros de las comunidades de padres y conversos, mientras las laterale se destinaban a la circulación. Todas las naves se cubren con bóvedas de crucería simple y quedan comunicadas por arcadas de medio punto abiertas entre los soportes cruciformes a las que se adosan por el exterior de dichas arcadas columnas suspendidas que recogen los fajones. Estas arcadas cobijan un segundo arco de medio punto que apea en otras columnas adosadas a los pilares cruciformes. Los capiteles de las columnas son los únicos soportes de decoración, mostrando motivos vegetales.

Las estrechas ventanas abocinadas de esta nave central abren sobre la imposta que corre por encima de los arcos formeros de medio punto y también como éstos son de clara tradición románica. En los muros laterales se disponen sencillos vanos de medio punto rasgados, mientras que el del extremo Sur del crucero se conserva un rosetón con destacadas yeserías de motivos geométricos unidas con láminas de mica que hacen las funciones vitrales, y otro rosetón en la fachada de los pies, cuya tracería ha sido recientemente rehecha.

En el exterior la cabecera ofrece un hermoso juego de volúmenes, con las diferentes alturas del ábside y los absidiolos, y con los arcaizantes arbotantes situados en la unión de los tramos recto y curvo; en el brazo Norte del crucero se adosó un pequeño campanario medieval abierto con arcos apuntados geminados cobijados bajo un arco de medio punto, a los pies del cual se sitúa el cementerio.

El gran campanario situado en lado norte de la fachada fue construido a lo largo de los siglos XVI y XVII, con un primer cuerpo de cantería y dos más de ladrillo, el superior octogonal.

La fachada es sobria, presidida por la portada abocinada con arquivoltas de medio punto que apean en columnas cuyos capiteles muestran hermosa decoración tallada vegetal, antropomorfa y con animales fantásticos, coronados por una imposta decorada con ajedrezados; encima de la portada discurre un friso de arquillos de medio punto apeados en columnillas, en el centro de las cuales aparece un crismón; la fachada se corona con un amplio rosetón.