Se trata de un templo cuya fábrica primitiva data de mediados del siglo XII. Iniciadas las obras durante un primer periodo románico las obras se ven interrumpidas durante un periodo de tiempo lo que va a condicionar toda su estructura comenzando una evolución constructiva determinada por la lentitud y las transformaciones.

Situado en las cercanías de la muralla musulmana, se levanta un templo sencillo de planta orientada al este con ábside semicircular que en la reanudación de las obras en el siglo XIII se transforma en poligonal, soportando una cubierta de bóveda de crucería. A mediados del siglo XIII, coincidiendo con la construcción del ábside de San Juan de la Cuesta, se decide continuar la construcción de la torre adoptando el incipiente estilo mudéjar, cambiando la piedra por el ladrillo.

En el siglo XVI se produce la primera transformación decisiva, la antigua iglesia románica es transformada en una iglesia de planta de salón acoplándose al ábside y a la torre. De planta rectangular consta de tres naves de tres tramos cada una cubiertas por bóveda de crucería que apea en pilares octogonales. Remata en cabecera triple siendo el ábside central poligonal y los laterales de testero recto.

A finales del siglo XVII se lleva a cabo una reforma integral del edificio con el fin de solucionar algunos problemas estructurales y adaptar el interior al gusto barroco. Asimismo, se cambia la orientación, ahora con eje oeste-este, quedando el antiguo ábside poligonal y la torre mudéjar a los pies del nuevo edificio.

El resultado, un templo de planta rectangular de tres naves y tres tramos, cabecera recta al oeste, compuesta de dos tramos de planta rectangular de desiguales dimensiones, cerrados con bóveda de cañón, en el primero, y bóveda de horno sobre pechinas en el segundo. El primer tramo está comunicado con dos estancias de tres tramos cada una y cubierta con bóveda de cañón con lunetos sobre arcos fajones. En el cuerpo de naves se respetó la antigua cubierta excepto en el tramo anterior a la nueva cabecera en la que la bóveda de crucería fue sustituida por cúpula semiesférica sobre pechinas abierta con linterna. Los pilares cruciformes fueron forrados y en la antigua cabecera se situó el coro y el órgano.

El ábside en sus comienzos, de planta semicircular, se construyó la parte inferior de piedra, seguramente con la idea inicial de cubrirlo con bóveda de horno; la continuación en ladrillo, en el siglo XIII, supondrá un cambio de estructura a planta poligonal con contrafuertes que deberán soportar el cerramiento de bóveda de crucería con nervios moldurados que descargan sobre medias columnas, adosadas al muro, de fuste liso que apean sobre una pequeña ménsula. Presentan capiteles decorados con motivos escultóricos de carácter vegetal con hojas de parra. La superficie de los paramentos interiores se decoró con pinturas murales que quedaron ocultas tras el órgano del siglo XVIII, cuando adquirió las funciones de coro.

Al exterior el muro del ábside se articuló mediante la disposición en la parte inferior del muro de medias columnas adosadas con capiteles lisos flanqueados por cabezas. Sobre las columnas cargan una serie de estribos a modo de potentes contrafuertes, entre los cuales abren sencillas aspilleras en doble derrame, abiertas en arco apuntado y flanqueadas por columnas acodilladas con capitel decorado con cardinas sobre las que carga un arco apuntado adornado con puntas de diamante.

El coro de fábrica de madera, fechado en 1700, obra del sacerdote Juan Francisco Rodríguez de Setién. En él se representan escenas de las Sagradas Escrituras y el famoso suceso de las hermanas siamesas nacidas en Daroca en 1698.